Nhân vật Omura trong phim Võ sĩ đạo cuối cùng được xây dựng dựa trên Ōkubo Toshimichi. Trong phim, ông là tên quan bán nước, vinh thân phì gia, lại khuynh đảo triều chính, xỏ mũi Thiên hoàng Minh Trị trẻ tuổi và bắt Thiên hoàng phải làm theo chiêu bài "hiện đại hóa" của ông.[2] Cuối cùng thì Thiên hoàng Minh Trị cũng nhận ra mình không phải là ông vua bù nhìn của Omura, và buộc ông phải bỏ đi.

Trong seri manga/anime Rurouni Kenshin, Ōkubo xuất hiện để tìm kiếm sự giúp đỡ của Himura Kenshin để tiêu diệt mối đe dọa vì cuộc nổi loạn của Shishio Makoto. Kenshin lưỡng lự, và Ōkubo đưa ra hạn cuối cùng vào ngày 14 tháng 5 để đưa ra quyết định. Trên đường đi nhận câu trả lời của Kenshin, ông bị Seta Sojior, cánh tay phải của Shishio, ám sát, và gai tộc Ichiro mạo phạm xác của ông và tự nói rằng chính mình đã giết ông. Trong lời chú của mình, Watsuki so sánh Okubo với Tổng thống Hoa Kỳ Abraham Lincoln.

Trong tiểu thuyết của Boris Akunin, The Diamond Chariot, Erast Fandorin điều tra vụ ám sát Ōkubo, nhưng không thể ngăn chặn được nó.